Par son caractère propre, l’institution du Mont Saint Jean est un lieu de formation au discernement, au choix, à la liberté et à la responsabilité. Elle fait sienne la vision que l’Eglise a de l’homme et participe au développement intégral de ses élèves par l’acquisition des connaissances, la formation à la liberté et l’éducation à la foi.
L’équipe d’animation pastorale travaille à créer une atmosphère particulière à l’établissement avec un esprit d’ouverture, de fraternité et d’accompagnement autour d’un thème d’année. Elle travaille en lien avec l’Eglise locale (la paroisse Saint Armentaire d’Antibes) et participe aux formations et initiatives diocésaines.
Des temps de culture religieuse sont destinés à tous les élèves et sont donc inscrits dans leurs emplois du temps
La catéchèse est dispensée au primaire par les enseignants de chaque classe. Elle est optionnelle pour les élèves du collège et du lycée qui font le choix de s’inscrire dans une démarche de découverte de la foi. Une préparation aux sacrements est proposée dans le même cadre.